وهو المكتب المركزي في معاهد الصحة الوطنية الأمريكية لإدارة معاهده ومراكزه السبعة والعشرين ؛ والمكتب مسؤول عن وضع السياسة لمعاهد الصحة الأمريكية وتخطيط وإدارة وتنسيق البرامج والأنشطة لكل مكوناتها .ومكاتب البرامج التابعة لمكتب المدير تشمل مكتب أبحاث الإيدز ومكتب أبحاث صحة المرأة وغيرها .